Gruppenleitung
Kontakt
Prof. Dr. Peter Beyerlein
Telefon: +49 3375 508 944
Mail: peter.beyerlein@tfh-wildau.de
M. Sc. Anika Tillich
Mail: anika_tillich@tfh-wildau.de
M. Sc. Stephanie Tscherneck
Telefon: +49 3375 508 948
Mail: stephanie.tscherneck@tfh-wildau.de
Statistical Data Processing, Software & IT
Die Mitglieder des IT- Clusters sind für die Beschaffung, Bereitstellung und Pflege von Hard- und Software zuständig. Ständig wachsende Anforderungen an Rechen- und Speicherleistung verlangen eine geschickte Ausrichtung der gesamten IT- Infrastruktur unter Berücksichtigung der zur Verfügung stehenden finanziellen Mittel und der Bedürfnisse der gesamten Arbeitsgruppe. Als Laboringenieur nimmt Chong Wang eine besondere Rolle in diesem Zusammenhang ein: Er sorgt dafür, dass die Mitglieder der Arbeitsgruppe stets auf die gesamte Infrastruktur zugreifen können und übernimmt insbesondere die Pflege und Wartung des HPC (High Performance Computer). Ein weiterer Schwerpunkt der Arbeit des Clusters ist die Ausbildung der Studenten in der Programmiersprache Java.
Biological Models, Knowledge-Based & Data-Driven Decision Support
Das Cluster "Biological Knowledge & Models" umfasst den gesamten Bereich der mathematischen Modellierung von biologischen Prozessen. Hierzu gehört u.a. die Beschaffung von relevanten biologischen Daten aus bekannten Datenbanken, aber auch die Bereitstellung dieser Daten in einer für die Modellierung erforderlichen Form (z.B. SBML). Dieser Teilbereich beinhaltet außerdem die Verknüpfung der extrahierten Informationen aus unterschiedlichen Datenbanken zu einem spezifischen Signalweg inklusive der für die Berechnung des zeitlichen Verlaufs notwendigen Differentialgleichungssysteme. Im Anschluss an diese Datenbereitstellung und -analyse folgt die systematische Aufstellung des eigentlichen mathematischen Modells des betrachteten biologischen Prozesses. Die Vorgehensweise dabei beinhaltet die Analyse des zu modellierenden Objektes, die Formulierung des Systems, die Erstellung eines graphischen Modells, die Generierung des mathematischen Modells, die Lösung der damit verbundenen mathematischen Probleme und - im Anschluss an den Vergleich der Ergebnisse mit denen realer Systeme - die iterative Anpassung und Verbesserung des Modells. Die Auswahl der z.Z. modellierten Systeme erfolgt in enger Zusammenarbeit mit unseren Kooperationspartnern Dr. Diego Walther (Arbeitsgruppe "Monoamine signaling and disease - Neurochemistry Group and Mouse lab", Max-Planck-Institut für Molekulare Genetik Berlin) und Philips Research Europa , die auch die biologische Validierung mitbetreuen. Zur Zeit arbeiten wir sowohl an Modellen von Stoffwechselprozessen wie der enzymatischen Kaskade der Koagulation, als auch an Zellmodellen, wie Thrombozyten und ß-Zellen des Pankreas.
Biomarker Discovery & Wetlab Validation
Das Cluster "Wetlab Measurement and Validation" ist für die Generierung von experimentellen Daten sowie für die Validierung von in-silico Ergebnissen zuständig. In Zusammenarbeit mit Dr. Diego Walther (Arbeitsgruppe "Monoamine signaling and disease - Neurochemistry Group and Mouse lab", Max-Planck-Institut für Molekulare Genetik Berlin), Dr. Claus Muth (Chefarzt der Radiologie, Carl-Thiem-Klinikum Cottbus) und Philips Research Europa arbeiten wir an einer Vielzahl von Fragestellungen. Beispielsweise untersuchen wir die Beteiligung von Phosphodiesterasen an der Krebsentstehung, die Regulation der Signalweiterleitung durch Monoaminylation oder Krankheitsentstehungen aufgrund von Störungen des serotonergen Systems. Weiterhin erforschen wir die Schutzmechanismen von bestrahlungsresistenten Krebszellen und deren Genexpressionsveränderungen im Verlaufe der Krebserkrankung. Für die Beantwortung dieser Fragestellungen werden etablierte und neuartigen Methoden eingesetzt wie z.B. Next Generation Sequenzierungen, Real-Time PCR- oder HPLC-Untersuchungen. Im Rahmen der Kooperationen haben Studenten die Möglichkeit durch Praktika, Bachelor- und Masterarbeiten molekularbiologische Experimente durchzuführen und die gewonnenen Daten mit Hilfe bioinformatischer Methoden auszuwerten. Außerdem werden Ergebnisse aus bioinformatischen Analysen und Modellierungen durch molekularbiologische Experimente auf ihre Richtigkeit validiert.
Tutoren
- Björn Behrendt
- Maxim Bienemann
- Rene Böttcher
- Daniel Butze
- Yen Hoang
