Forschungsbereiche und Kooperationspartner
Forschungsschwerpunkte
- Bioprozessautomatisierung
- Steuerung und Regelung von Bioprozessautomatisierungsanlagen
- Automatisierung mit Hilfe von Single-Board-Computern
- Sequenzanalyse und Transkriptomanalyse
- Untersuchung der Rolle von additiver Genexpression auf die Entstehung von Heterosis in Getreidepflanzen
- Hochauflösende Genomanalysen von Einzelzellgenomen
- Auswertung von Sequenzierdaten
- Auswertung von Microarray-Daten (cDNA-Arrays, Oligo-Arrays, SNP-Arrays, CGH-Daten)
- Reannotation von Microarrays
- Vorhersage von genomischen Umsortierungen bei der Krebsentstehung
- Untersuchung von Modellorganismen für die Krebsresistenz
- Untersuchung regulierter Gene und spezifischer Expressionsmuster
- differenziell exprimierte Gene in Mais-Embryonen
- statistische Analyse von PCR-Daten zur differenziellen Expression
- EST-basierte Vorhersage alternativer Spleißformen
- Identifikation von Antisense-Transkripten
- Genstrukturvorhersagen
- Mathematische Modellierung
- Mathematische Modellierung metabolischer Prozesse
- Biostatistik
- Bewertung der Güte mathematischer Modelle in der Biologie
- Kompartmentmodellierung
- Systembiologie
- Netzwerkmodellierung
- Analyse metabolischer Netzwerke
- Analyse von Transkriptions-Netzwerken
- Untersuchung von Signaltransduktionsnetzwerken
- Statistische Analyse metabolischer Daten
- Auswertung von Protein-Massenspektrometrie-Daten
- Biostatistik für die medizinische Forschung
- Biostatistische Beiträge zur Versorgungsforschung
- statistische Analyse biologischer und medizinischer Daten
- Identifikation von Genen für die Prognose von Überlebenschancen bei Tumor
- Markeridentifikation für die Insulinresistenz
- Datenbanken
- Datenbanken zu Patientendaten für die Erfassung seltener Erkrankungen
- Datenbank von Primern für die qPCR
- Datenbank zum alternativen Spleißen und zur Transkriptdiversität
- EST-Datenbank zum alternativen Spleißen
- Datenbank genomischer Sequenzen
Projekte
- PROGReSs - Prediction and Modeling of Hybrid Performance and Yield Gain in Oilseed Rape by Systems Biology innerhalb des BMBF-Projektes eBio - Innovationswettbewerb Systembiologie 2014-2017
- WiWiBioNet - Aufbau eines Kooperationsnetzwerkes mit Brandenburger Wissenschafts- und Wirtschaftsunternehmen im Bereich Life Sciences und Biohybrider Technologien, 2014
- Einrichtung eines hochschulweiten Webinar-Systems zur Erweiterung des E-Learning und Blended Learning Angebotes, 2014
- Beschaffung einer Computerservice-Einheit für die Lebenswissenschaften, 2013
- Simulation biologischer Netze auf Grafikprozessoren und interaktive Visualisierung für die Medizin 2013
- Computerservice-Einheit und Softwareentwicklung für Grafikprozessor-Architekturen, 2012
- Einrichtung einer interaktiven Lernplattform für die Bioinformatik 2011
Erwerb eines Servers zur Analyse transkriptioneller Veränderungen für die klinische Diagnostik, 2011
Austattung der Arbeitsgruppe
Labore:
- Labor für High Performance Computing - Raum 16-1040
- 24 PC's
- 1 Präsentationscomputer
- EDV Komplexlabor (Bioinformatik) - Raum 16-1034
Ausstattung:
- 1x Bladeserver-System mit 7 Knoten, 96 CPU Kernen, 2240GB RAM, NVIDIA Tesla M2090
- 1x Bladeserver-System mit 6 Knoten, 80 CPU Kernen, 1920GB RAM, zwei NVIDIA GRID K2, 28TB integriertem Storage
- 50TB zentrales Storage
- 48 Slot Tape Storage System
Publikationen
- Since 2009
- Before 2009
Koorperationen
- Universität Hamburg (PD Dr. Stefan Scholten, Felix Seifert)
- Charité Berlin (Dr. Andreas Klein)
- Technische Hochschule Wildau (Prof. Dr. Marcus Frohme, Prof. Dr. Franz Xaver Wildenauer, Prof. Dr. Fred Lisdat)
- Prof. Dr. Janett Mohnke
- AnaTox GmbH Fürstenwalde
- Novartis Pharma GmbH
- Endokrinologikum Berlin