Analytik / Proteomik
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Analytik / Proteomik

Molekulare Biotechnologie und Funktionelle Genomik

Laborübersicht

Beschreibung

In der Proteomik wird das Proteom aus unterschiedlichen Quellen (Pflanzen, Zellen, Bakterien, Umweltproben..) mit biochemischen Methoden untersucht. Ziel ist es hierbei, alle zu einem Zeitpunkt vorliegenden Proteine in der Probe zu erfassen und analysieren zu können. Dafür stehen uns verschiedene Techniken und Geräte zur Verfügung. In der Analytik wird die chemische Zusammensetzung einer Probe qualitativ und quantitativ untersucht. 

Ausstattung

Chromatographie und Massenspektrometrie: Triple Quadrupol LCMS-8040 (Shimadzu)Bereich öffnenBereich schließen

Das LCMS-8040 Triple Quadrupol Massenspektrometer mit gekoppelter HPLC ermöglicht die Hochdurchsatzanalyse von polaren Analyten bis zu 100.000 m/z.

  • HPLC mit PDA-Detektor (Photodioden-Array Detektor) SPD-M30A, Wellenlängenbereich: 180-800 nm
  • Ionisierungsmethode: Elektrospray Ionisierung (ESI), hohe Sensitivität für polare Analyte, sanfte Ionisierung (keine Fragmentierung)
  • Massenanalysator: Triple Quadrupol (Multipol RF Ion Guides mit der UFsweeper II Kollisionszellentechnik)
  • Detektor: SEM (Secondary Electron Multiplier) mit Conversion Dynode
  • Messmethoden: Scanfunktion (15.000 u/s), SIM-Mode (Single Ion Monitoring), MRM-Mode (Multiple-Reaction-Monitoring)
LCMS
© Jens Fischbach

Massenspektrometer: Axima Confidence (Shimadzu)Bereich öffnenBereich schließen

MALDI TOF Massenspektrometer

Matrix-unterstützte Laser-Desorption/Ionisation mit Flugzeitanalysator zur Proteom Analyse. Protein Identifizierung mittels Protein Mass Fingerprint und Analyse der Aminosäuresequenz von Peptiden durch Generierung von MS/MS Fragmentspektren.

  • 50 Hz N2 Laser
  • Auflösungsvermögen (Reflektron-Betrieb): 15000 FWHM (ACTH 7-38)
  • Sensitivität (Reflektron-Betrieb): 500 amol (Glu-Fibrinopeptid)
  • Massegenauigkeit: <10 ppm bei interner Kalibrierung
MALDI-TOF
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Plate Spotter: AccuSpot LC-MALDI Plate Spotter (Shimadzu)Bereich öffnenBereich schließen

Verbindung der LC-MS und MALDI-TOF MS Analyse durch die automatisierbare Belegung von MALDI Targets mit HPLC-Fraktionen

  • online Fraktionssammlung des gesplitteten HPLC-Stroms
  • automatische Mischung mit Matrixlösung im gewünschten Verhältnis
  • Mikro-Fraktionierung auf bis zu neun 384 Well MALDI-TOF MS Targets
  • online Überwachung des Spotting Verfahrens über eine integrierte CCD Kamera
Accuspotter
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Multiplex Immunoassay: Bio-Plex 200 (BioRad)Bereich öffnenBereich schließen

Multiplex Suspensions-Array-System zum Nachweis von Biomolekülen im 96-well Format.

In Bead-basierten Assays können Parameterprofile mit bis zu 100 Analyten erstellt werden. 

  • Luminex xMAP Technologie
  • Bio-Plex Pro™ Wash Station
Bio Plex
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Zellaufschluss: Precellys 24 (Bertin Technologies)Bereich öffnenBereich schließen

Hochdurchsatz-Homogenisierung

Tischgerät für das Zermahlen, die Lyse und Homogenisierung biologischer Proben (tierisches, pflanzliches Gewebe, Mikroogranismen)

  • bis zu 24 Reaktionsgefäßen pro Lauf (2 mL) 
  • Glas-, KEramik- oder Stahlkügelchen
  • keine Kreuzkontamination dank Einwegtubes
Precellys
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Isoelektrische Fokussierung: PROTEAN i12 IEF System (Bio-Rad)Bereich öffnenBereich schließen

Isoelektrische Fokussierung (IEF) von Proteinen in immobilisierten pH-Gradienten (IPG) für die erste Dimension der 2D SDS-PAGE

  • parallele Verarbeitung von bis zu 12 IPG Streifen in unabhängigen Kanälen
  • Einsätze für die Fokussierung in verschiedenen Größen (7, 11, 13, 17, 18 und 24 cm)
  • unterschiedliche Konditionen, Proben, Protokolle oder pH-Gradienten in einem Lauf möglich
Protean IEF
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Protein-Elektrophorese: Ettan DALT II System (amersham pharmacia biotech)Bereich öffnenBereich schließen

Auftrennung von Proteinen gemäß ihres Molekulargewichts für die zweite Dimension der 2D SDS-PAGE

  • Vorrichtung zur Herstellung von bis zu vierzehn 1 mm dicken, homogenen Gelen

  • parallele vertikale Auftrennung von Proteinen, die in der ersten Dimension isoelektrisch fokussiert worden sind, in bis zu zwölf Gelen (25,5 x 20,5 cm)

SDS-PAGE Apparatur
© Jens Fischbach