Analytik / Proteomik
Fotoaufnahmen des Hochschulgebäudes

Analytik / Proteomik

Molekulare Biotechnologie und Funktionelle Genomik

Laborübersicht

Beschreibung

In der Proteomik wird das Proteom aus unterschiedlichen Quellen (Pflanzen, Zellen, Bakterien, Umweltproben..) mit biochemischen Methoden untersucht. Ziel ist es hierbei, alle zu einem Zeitpunkt vorliegenden Proteine in der Probe zu erfassen und analysieren zu können. Dafür stehen uns verschiedene Techniken und Geräte zur Verfügung. In der Analytik wird die chemische Zusammensetzung einer Probe qualitativ und quantitativ untersucht. 

Ausstattung

Emissionsspektrometrie m. induktiv gekoppelten Plasma: 5800 VDV ICP-OES(Agilent)Bereich öffnenBereich schließen

  • Optisches Emissionsspektrometer mit induktiv gekoppeltem Plasma zur simultanen Messung von Wellenlängen im Bereich von 167 nm bis mind. 785 nm
  • Signalmessung sowohl in radialer als auch axialer Ansicht des Plasmas (Vertical Dual View, VDV)
  • VistaChip3 CCD-Detektor mit freier Linienauswahl im gesamten Spektralbereich
  • IntelliQuant 2.0 zur Messung und automatischen Auswertung des Komplettspektrums zu jeder Probe
  • Autosampler SPS 4 Base mit verschiedenen Racks (17-22 mm Durchmesser)
  • Hydrid Generator zur Erhöhung der Sensitivität des Nachweis von Hydrid-bildenden Elementen (z.B. As, Pb, Hg, Se)
ICP-OES 5800 VDV im Analytiklabor der Abteilung
© Liane Kober

Gaschromatographie-Massenspektrometrie: GCMS-QP2020 NX (Shimadzu)Bereich öffnenBereich schließen

Das GCMS-QP2020 NX Quadrupol-Massenspektrometer mit integriertem multifunktionalen Autosampler kann Proben über Flüssig-, Headspace- oder SPME-Injektion automatisiert verarbeiten.

  • AOC-6000 Autosampler mit Flüssig-, Headspace und SPME-Injektion und beheiztem Schüttler

  • Zwei-Säulen-In-Ein-MS System: Zwei GC-Säulen sind im beleuchteten GC-Ofen verbaut und können je nach Bedarf angesteuert werden.

  • Flussmodi: konstanter Fluss, konstanter Druck oder konstante lineare Trägergasgeschwindigkeit wählbar

  • Ecology-Modus: nach der Messung werden Gas- und Stromverbrauch auf ein Minimum reduziert

  • Massenspektrometer: Quadrupol-Massenspektrometer mit Doppelfilament-Ionenquelle zur Elektronenstoßionisation (EI), Scangeschwindigkeit bis zu 20.000 u/s; Massenbereich: 1,5 bis 1090 m/z

  • Messmodi: Scan, SIM, FASST (simultane Scan/SIM Messungen)

  • NIST Massenspektren Datenbank 2020 (EI)

 

Foto des GCMS-QP2020 NX
© Liane Kober

Kernspinresonanzspektroskopie: NMR Spinsolve 80 (Magritek)Bereich öffnenBereich schließen

Benchtop Strukturaufklärung mittels des Spinsolve 80 NMR Spektrometers.

  • Kerne: 1H, 13C, 19F

  • Messfrequenz: 80 MHz (1H)

  • Auflösung (1H Linienbreite): <0,4 Hz bei 50%; <16 Hz bei 0,55%

  • Sensitivität (1H): >200:1 für 1% Ethylbenzen

  • Fortgeschrittene Methoden wie COSY, HSQC, HMBC

Foto des NMR Spinsolve 80
© Liane Kober

Chromatographie und Massenspektrometrie: Triple Quadrupol LCMS-8040 (Shimadzu)Bereich öffnenBereich schließen

Das LCMS-8040 Triple Quadrupol Massenspektrometer mit gekoppelter HPLC ermöglicht die Hochdurchsatzanalyse von polaren Analyten bis zu 100.000 m/z.

  • HPLC mit PDA-Detektor (Photodioden-Array Detektor) SPD-M30A, Wellenlängenbereich: 180-800 nm
  • Ionisierungsmethode: Elektrospray Ionisierung (ESI) oder Chemische Ionisation bei Atmosphärendruck (APCI) für die hochsensitive Messung von polaren bzw. mittelpolaren Analyten
  • Massenanalysator: Triple Quadrupol (Multipol RF Ion Guides mit der UFsweeper II Kollisionszellentechnik)
  • Detektor: SEM (Secondary Electron Multiplier) mit Conversion Dynode
  • Messmethoden: Scanfunktion (15.000 u/s), SIM-Mode (Single Ion Monitoring), MRM-Mode (Multiple-Reaction-Monitoring)
LCMS
© Jens Fischbach

Massenspektrometer: Axima Confidence (Shimadzu)Bereich öffnenBereich schließen

MALDI TOF Massenspektrometer

Matrix-unterstützte Laser-Desorption/Ionisation mit Flugzeitanalysator zur Proteom Analyse. Protein Identifizierung mittels Protein Mass Fingerprint und Analyse der Aminosäuresequenz von Peptiden durch Generierung von MS/MS Fragmentspektren.

  • 50 Hz N2 Laser
  • Auflösungsvermögen (Reflektron-Betrieb): 15000 FWHM (ACTH 7-38)
  • Sensitivität (Reflektron-Betrieb): 500 amol (Glu-Fibrinopeptid)
  • Massegenauigkeit: <10 ppm bei interner Kalibrierung
MALDI-TOF
© Jens Fischbach

Plate Spotter: AccuSpot LC-MALDI Plate Spotter (Shimadzu)Bereich öffnenBereich schließen

Verbindung der LC-MS und MALDI-TOF MS Analyse durch die automatisierbare Belegung von MALDI Targets mit HPLC-Fraktionen

  • online Fraktionssammlung des gesplitteten HPLC-Stroms
  • automatische Mischung mit Matrixlösung im gewünschten Verhältnis
  • Mikro-Fraktionierung auf bis zu neun 384 Well MALDI-TOF MS Targets
  • online Überwachung des Spotting Verfahrens über eine integrierte CCD Kamera
Accuspotter
© Jens Fischbach

Multiplex Immunoassay: Bio-Plex 200 (BioRad)Bereich öffnenBereich schließen

Multiplex Suspensions-Array-System zum Nachweis von Biomolekülen im 96-well Format.

In Bead-basierten Assays können Parameterprofile mit bis zu 100 Analyten erstellt werden. 

  • Luminex xMAP Technologie
  • Bio-Plex Pro™ Wash Station
Bio Plex
© Jens Fischbach

Zellaufschluss: Precellys 24 (Bertin Technologies)Bereich öffnenBereich schließen

Hochdurchsatz-Homogenisierung

Tischgerät für das Zermahlen, die Lyse und Homogenisierung biologischer Proben (tierisches, pflanzliches Gewebe, Mikroogranismen)

  • bis zu 24 Reaktionsgefäßen pro Lauf (2 mL) 
  • Glas-, KEramik- oder Stahlkügelchen
  • keine Kreuzkontamination dank Einwegtubes
Precellys
© Jens Fischbach

Isoelektrische Fokussierung: PROTEAN i12 IEF System (Bio-Rad)Bereich öffnenBereich schließen

Isoelektrische Fokussierung (IEF) von Proteinen in immobilisierten pH-Gradienten (IPG) für die erste Dimension der 2D SDS-PAGE

  • parallele Verarbeitung von bis zu 12 IPG Streifen in unabhängigen Kanälen
  • Einsätze für die Fokussierung in verschiedenen Größen (7, 11, 13, 17, 18 und 24 cm)
  • unterschiedliche Konditionen, Proben, Protokolle oder pH-Gradienten in einem Lauf möglich
Protean IEF
© Jens Fischbach

Protein-Elektrophorese: Ettan DALT II System (amersham pharmacia biotech)Bereich öffnenBereich schließen

Auftrennung von Proteinen gemäß ihres Molekulargewichts für die zweite Dimension der 2D SDS-PAGE

  • Vorrichtung zur Herstellung von bis zu vierzehn 1 mm dicken, homogenen Gelen

  • parallele vertikale Auftrennung von Proteinen, die in der ersten Dimension isoelektrisch fokussiert worden sind, in bis zu zwölf Gelen (25,5 x 20,5 cm)

SDS-PAGE Apparatur
© Jens Fischbach